Menurut cerita dari Karso Pawiro penduduk Desa Sidayu yang sudah lanjut usia, pada zaman dulu sekitar tahun 1828 - 1830 atau pada waktu perang Diponegoro ada seorang keturunan bangsawan dari Yogyakarta yang bernama Raden Singoyudo yang melarikan diri dengan beberapa orang hingga sampai di suatu daerah (hutan), kemudian beliau dan anak buahnya membabad atau membuka hutan tersebut untuk dijadikan suatu daerah permukiman atau desa.

 

Setelah membuka hutan menjadi suatu desa, Raden Singoyudo merasa mendapat kedamaian, ketentraman, dan kemuliaan bersama pengikut-pengikutnya maka diberilah nama desa tersebut dengan nama Sidayu (yang berasal dari kata “sido-rahayu”) dengan kepala desanya Singoyudo sendiri.

 

Beberapa tahun kemudian Desa Sidayu kedatangan bangsa asing yaitu bangsa Belanda yang mana akhirnya merebut kekuasaan dari tangan Raden Singoyudo, bahkan bangsa Belanda sempat mendirikan suatu kubu atau benteng pertahanan di Desa Sidayu (Benteng van Der Wijck), yang sampai sekarang benteng itu masih ada dan dijadikan sebagai objek wisata serta digunakan untuk asrama ABRI di sekitar benteng.

 

Tahun berikutnya Raden Hadipati Mangkuprojo di Surakarta wafat dan minta dimakamkan di Desa Sidayu, maka dikirimkanlah utusan untuk menghadap Raden Singoyudo sebagai Kepala Desa Sidayu di bawah pemerintahan Belanda waktu itu. Utusan tersebut diberi daerah Sidayu utara untuk memakamkan jenazah Raden Hadipati Mangkuprojo. Setelah itu, datang lagi utusan dari Surakarta dengan membawa seorang sebagai juru kunci makam Raden Hadipati Mangkuprojo tersebut dan diberi wewenang untuk menguasai daerah sekitar makam, maka dibagilah Desa Sidayu menjadi dua desa di mana yang sebelah selatan tetap namanya Sidayu dengan kepala desanya Singoyudo, sedang yang utara namanya Desa Pekuncen (yang berasal dari kata “kunci”).